בסיס התפיסה הרעיונית של מגמת מערכות בריאות עומדת ההכרה בחשיבות הכנת עתודה ללימודי המשך אקדמיים במקצועות הבריאות השונים (רופאים, אחיות, פרמדיקים ועוד). מגמת זו פותחת אפשרות לנער/ה המתעניינים בעולם הבריאות והרפואה, להעשיר את הידע שלהם בתחום ולסיים את שנות לימודיהם במסלול זה עם תכנים רבים שיאפשרו להם להשתלב במערכת הבריאות